通常情况下，自然人股东转让其所持有的公司股权，应就股权转让所得缴纳个人所得税。国家税务总局2014年12月7日发布，自2015年1月1日起施行的《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》第4条规定：“个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”缴纳个人所得税”。可见，自然人股东转让公司股权应缴纳的个人所得税与三个因素有关，即“股权转让收入”、“股权原值”和“合理费用”。

    “股权转让收入”是指“转让方因股权转让而获得的现金、实物、有价证券和其他形式的经济利益”。转让方取得与股权转让相关的各种款项，包括违约金、补偿金以及其他名目的款项、资产、权益等，均应当并入股权转让收入，另外，纳税人按照合同约定，在满足约定条件后取得的后续收入，也应当作为股权转让收入。

    “股权原值”依照以下方法确认：

    （一）以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；

    （二）以非货币性资产出资方式取得的股权，按照税务机关认可或核定的投资入股时非货币性资产价格与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；

    （三）通过无偿让渡方式取得股权，具备“继承或将股权转让给其能提供具有法律效力身份关系证明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人”情形的，按取得股权发生的合理税费与原持有人的股权原值之和确认股权原值；

    （四）被投资企业以资本公积、盈余公积、未分配利润转增股本，个人股东已依法缴纳个人所得税的，以转增额和相关税费之和确认其新转增股本的股权原值；        （五）除以上情形外，由主管税务机关按照避免重复征收个人所得税的原则合理确认股权原值。

“合理费用”是指股权转让时按照规定支付的有关税费。一般包括印花税、资产评估费、中介服务费等。股权转让合同属于印花税“财产转移书据”税目的征收范围，转让方和受让方应按照合同金额的万分之五分别缴纳印花税；股权转让中发生的资产评估费、中介服务费包括会计师费用、律师费用等也是合理费用的一部分，可以在计征应纳税所得额时从收入中扣除。